温肯学生论文登上国际生物权威期刊

在国际权威杂志《Bioinformatics》(生物信息学)发表论文,这对生物信息学领域的很多教授来说都不是易事。而温州肯恩大学本科学生许诺、傅东方、李世昂、王羽轩做到了!

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GCPred网站服务器

2月,他们的研究文章——GCPred网站服务器(http://gcpred.com)被在线发表在该期刊上。项目由我校生物学副教授Aloysius Wong指导,实现了寻找GCs(鸟苷酸环化酶)过程的自动化和简便化。

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GCs是什么?

生物利用分子信号传递信息,例如激素和生长因子在细胞表面被感知,并进入细胞引发一系列使生物体生长、发育和对环境做出响应的生理反应。在人体中,3’,5’ 环鸟甘酸( cGMP)是血管舒张的信号。在植物中,cGMP也是很多生物反应的信号,如植物对光、激素、盐、干旱、臭氧、病菌等的响应。相比动物,这种信号分子对植物来说更为重要。这是因为植物是固着底栖生物,无法逃避危及生命的环境。因此他们依靠一组像cGMP这样的分子信号来保障细胞间高效的信息传递,进而适应环境和生存。之前GCs靠人工寻找,十分繁琐。然而,植物中促进cGMP形成的鸟苷酸环化酶(GCs)刚被发现不久,且未被很好地理解。

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GCPred网站如何应用?

网站的创建解决了寻找GCs的这一大难题。在使用时,用户只需输入目标的氨基酸序列并点击提交,程序算法将自动识别输入的GC序列,以图表的形式给出所有预测的采样数和匹配得分(0-1),帮助用户解读。

这是目前为止第一个用于识别GCs的工具。

研究团队相信,这一工具的出现将促进生物学者对于这一重要的酶的新发现。理解GCs的性质对于人类健康和农业的发展都有深远的影响。例如,这一知识能为新一代耐逆性农作物的形成搭建平台,进而帮助解决食品安全问题,催生新的治疗人类疾病的药物。

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来自不同专业的团队成员

科研团队的四名成员分别来自计算机系与心理系。生物学作为温肯的通识课程,将四个不同专业的同学聚在了一起,在教授的指导下开展项目研究。“在研究过程中的确遇到许多问题”,许诺说,“首先是时间,从去年11月15日大家确定项目开始,到2月6日刊登文章。时间很紧迫。”

“还有就是算法,我主要负责这一方面,基本上是从零开始,需要查找大量的资料。”在许诺看来,对于团队来说,全新的领域有限的时间,是大家面临的挑战。

在1月15日的论文审核中,三位审核人中有一位对项目的可行性表示质疑。不通过就会被淘汰,科研小组的成员们又聚在了一起攻坚克难。“1500字的说明书几乎全部改了一遍。”许诺说。经过努力,最终项目在新一轮的审核中获得7.3分的好成绩,位居56位中的第三。

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采访中,Aloysius Wong教授对于学生们在学术上的进步十分欣喜。“就像你看到的,我们有不同专业的学生,无论你来自什么学习背景,只要是对课题有兴趣,并且肯下功夫,都可以提出你的想法,并去实现它。” Aloysius说。

科研小组的成员们也对项目的未来发展做出了清晰的计划。许诺与王羽轩提到,将会与学校IT部门联系在网站域名后面加入WKU字母,直接归到温肯网站,作为自己毕业学术成果以及对母校的毕业献礼。

文字 | 崔闻珈
摄影 | 于岳群